A Halottak Középiskolája a mai Japánban kezdődik, amikor a bolygót halálos járvány éri el, amely zombikká változtatja az embereket, amelyeket eufemisztikusan az elsődleges karakterek „Ők” (?? Yatsura?) Néven emlegetnek.
A történet számos középiskolás hallgatót követ (és az egyetemi nővéreket is), miközben az egész világon katasztrofális esemény, az úgynevezett „kitörés” segítségével küzdenek meg. Szembesülniük kell a társadalmi bukás további kockázataival, a veszélyes túlélők fajtájával, valamint sajátos erkölcsi kódexeik esetleges romlásával, amikor a szereplők megpróbálják túlélni a zombi-apokalipszist. A tanév kezdetén a tanulók a városba menekülnek, ahol meg kell birkózniuk tanítványaival és egy beszennyezett tanárral. Kapnak egy kutyát, valamint egy kislányt, és felmérik a túlélőket a házukban. Utána végre eljutnak egy általános iskolába, amely állítólag biztonságos zóna, átmennek egy rendőrségen és utoljára egy bevásárlóközpontban vannak.
