A 2020-ban Shinto Teito-ként elismert Tokióban a 19 éves Minato Sahashi nagyon intelligens, mégis nyomás alatt nem képes megbirkózni az egyetemi felvételi teszten.
Minato megismerkedik egy Musubi nevű lánnyal, aki egy napon valóban az égbe esik. Minato hamarosan megtudja, hogy ő egy „Sekirei”, aki őt „Ashikabi” -nak választotta, az egyének azon rejtélyes csoportja között, akik rendelkeznek az öröklött tulajdonsággal, és akik képesek megállapodást kötni - csókkal - a Sekirei-vel. Ez lehetővé teszi számukra, hogy teljes hatalmukat a többi Sekirei-vel való konfliktusok eltávolításában használják fel, és hozzá köti a Sekirei-t. A 108 imádnivaló lányból, buzgó nőből és püspökből álló Sekirei csata Hiroto Minaka, a titokzatos és nagyhatalmú MBI Corporation elnökének és alapítójának a „Sekirei terv” elnevezésű viadalán alakult.
Minato hamarosan megtudja, hogy egy nő házastársa lenni nem minden szórakozás és játék, különösen akkor, ha őt több másik Sekirei választja, akik mindegyikük megállapodást köt vele Ashikabiként. Most, Minatonak felfedeznie kell egy módszert, amellyel túlélheti a Sekirei-terv életveszélyes konfliktusait és társaiért folytatott heves versenyét.
A szekirei szuperhatalmú lények, akik ugyanúgy használnak egy másik kódot, mint egy személy. A Sekirei űrhajó 1999-ben zuhant le a Földön a Kamikura-szigeten, és két tanuló fedezte fel, Hiroto Minaka (az MBI lehetséges elnöke) és Takami Sahashi (az MBI lehetséges kutatója és Minato anyja). A fedélzeten a pár 108 életformát fedezett fel, amelyek magyarázata: „Egy oszlop és 107 csecsemőmadár”.
