A Britannia Birodalma Knightmare Frames nevű óriási robotfegyverekkel támadta meg Japánt. Japánt lecsökkentették a 11. területre, egy császári gyarmatra, népét pedig Elevennek nevezték. Akkoriban Japánba száműzött fiatal brit fiú, Lelouch megfogadta japán barátjának, Suzakunak, hogy elpusztítja Britannia-t.
Évekkel később Lelouch középiskolás diák, aki rendszeresen kihagyja az iskolát sakkozni és szerencsejátékot játszani. Amikor egy Elevens terrorista csoportba botlik, akiket egy brit munkacsoport elkap egy katonai titok ellopása után, Lelouch váratlanul újra találkozik Suzakuval, aki a brit hadsereg tagjaként dolgozik. Amint a munkacsoport többi tagja megérkezik, Suzakut a parancsok megszegése miatt lelőtték, míg a katonai titok, egy fiatal lány, hatalmat ad Lelouch-nak arra, hogy bárkit betartsanak bármilyen parancsnak. A terroristák parancsnoksága alatt Lelouch átveszi a „Zero” álnevet, és megkezdi lázadását, hogy Britannia véglegesen összetörje. Legnagyobb barátja azonban hamarosan az egyik legzavaróbb ellenségévé válik, amikor Suzaku lesz Britannia új tesztmodellje, a Knightmare, a Lancelot pilótája.
Megjegyzés: A történet egy kicsit más, mint az anime.
