Ezen a mangán Ryouga látható, egy emberfeletti erővel rendelkező fiú, aki meg akarja találni eltűnt apját. Az egyetlen nyom, amellyel Ryouga egy titokzatos alakot ábrázol a felhőkben, „Árkádok” néven, aki megígérte, hogy elvezeti apjához, ha elég erős lesz. Ryougához csatlakozik Miruto, egy lány, aki olyan szervezetben dolgozik, amely felkutatja a gazembereket, akik Pokemont használják gonosz szándékaikhoz, és Yappy újságírót, aki a világ összes gonoszságának feltárására törekszik. A cselekmény középpontjában a „Burst” áll, az a képesség, hogy a bennük tárolt Pokémon kristályokat felhasználva átalakulhasson ember-Pokémon hibridekké. Ryouga Burstje Zekrom, ugyanaz, amelyet apja használt a múltban.
